GBT 40664-2021 用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求.pdf

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  • 4.2基因组DNA核酸类样本质量要求

    4.2.1基因组DNA完整性

    基因组DNA是组成生物基因组的所有DNA。其完整性应符合凝胶电泳主带单一,在23kb2 清晰条带,且样本无严重降解。如主带不清晰绿色建筑标准规范范本,弥散现象严重则为严重降解。完整性检测图谱见限 中A.1。

    4.2.2基因组 DNA样本浓度

    单位体积的液体里含核酸的量, 可使用质量浓度(ng/μL)表示。基因组DNA浓度低于0.5ng/μL 时仪器检测精度不够且影响文库构建的成功率,不同文库构建类型和不同高通量测序仪对样本浓度要 求不同样本浓度应大于0.5 ng/uL

    4.3总RNA核酸类样本质量要求

    4.3.1总RNA完整性

    总RNA是从基因组转录出来的所有转录产物。包括信使RNA、核糖体RNA及一些与转录调控、 转录后加工及转录后翻译有关的非编码RNA。可通过总RNA的检测确定RNA的完整性。 RNA样本的完整性宜通过微流控或自动化凝胶电泳分析总RNA的RIN值以及rRNA的28S 8S或23S/16S比值进行判断(其中原核生物应使用23S/16S数值进行判断,真核生物应使用28S/18S 效值进行判断),真核生物又分为人、动物,植物、真菌和昆虫这三类作不同要求。不同物种的总RNA 完整性要求见表1。微流控分析检测图谱见A.2~A.5

    表1总RNA样本质量要求

    4.3.2总RNA核酸类样本浓度

    总RNA样本浓度低于 响RNA文库构建的成功率,不同文 类型和不同高通量测序仪

    5.1.1凝胶电泳仪。琼脂糖凝胶电泳相关设备及仪器! 5.1.2微流控电泳分析仪

    5.1.1凝胶电泳仪。琼脂糖凝胶电泳相关设备及仪器

    3定量荧光计:可配合荧光染料检测试剂快速完成核酸浓度的读取,最低应能检测0.2ng/μL的 羊本。

    5.1.3定量荧光计:可配合荧光染料检测试剂快 该酸浓度的读取,最低应能检测0.2ng/uL的核 酸样本。

    5.2核酸类样本质量检测方法

    5.2核酸类样本质量检测方法

    5.2.1基因组DNA核酸类样本的检测方法

    采用凝胶电泳法检测DNA核酸样本的完整性,宜使用1%浓度的琼脂糖凝胶进行电泳,电 V,电泳时间30min;采用荧光染料法进行核酸浓度的检测,按照对应的荧光染料检测试剂流程 作

    5.2.2总RNA核酸类样本的检测方法

    采用微流控电泳或自动化凝胶电泳分析法检测总RNA核酸样本的完整性,具体操作参考微流控 电泳或自动化凝胶电泳的操作说明;常规样本宜采用荧光染料法进行总RNA浓度的检测,微量样本宜 采用微流控电泳或自动化凝胶电泳分析法检测总RNA的浓度

    A.1基因组 DNA样本完整性检测

    GB/T 406642021

    附录A (资料性) 核酸类样本完整性检测示例图

    凝胶电泳检测基因组DNA样本完整性结果见图A.1。泳道2、泳道3的样本降解严重,高通量 字结果碱基测序准确率低于99%

    电泳检测基因组DNA样本完整性结果见图A.1。泳道2、泳道3的样本降解严重,高通量测 基测序准确率低干99%

    A.2原核总RNA样本完整性检测

    图A.1凝胶电泳检测结果

    图A.1凝胶电泳检测结果

    微流控电泳检测原核总RNA样本完整性结果见图A.2 注:RIN>7.23S/16S>1.图谱基线呈直线

    物总RNA样本完整性检

    微流控电泳检测植物总RNA样本完整性结果见图A.3, 注:RIN>6.28S/18S1.图谱基线呈直线

    图A.2原核样本微流控电泳检测结果

    微流控电泳检测植物总RNA样本完整性结果见图A.3, 注:RIN>6.28S/18S1.图谱基线呈直线

    GB/T 406642021

    A.4昆虫总RNA样本完整性检测

    微流控电泳检测昆虫总RNA样本完整性结果见图A.4 注:18S主带清晰广场标准规范范本,图谱基线呈直线

    图A.3植物样本微流控电泳检测结果

    微流控电泳检测昆虫总RNA样本完整性结果见图A.4 注:18S主带清晰,图谱基线呈直线

    A.5动物总RNA样本完整性检测

    图A.4昆虫样本微流控电泳检测结果

    防雷标准规范范本微流控电泳检测动物总RNA样本完整性结果见图A.5 注:RIN>7.28S/18S>1.图谱基线呈直线

    GB/T 406642021

    图A.5动物样本微流控电泳检测结果

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